學理上，子宮內膜異位症會導致懷孕能力的下降，部分研究也顯示可能下降人工生殖的成功率。造成試管成功率下降的原因包括慢性骨盆腔發炎與骨盆腔環境改變(免疫細胞，細胞素等...)，激素變化，輸卵管功能異常和子宮內膜容受性的改變等。但藥物(腦下垂體抑制成分)和手術是否會改善懷孕的能力，多年來一直有爭議，美國生殖醫學會及歐洲生殖醫學會在2012年及2013年的建議：
當然以影響試管成功率的大方向來說，可以就兩方面討論－卵子品質與子宮內膜環境：
- 卵子品質方面，雖然有許多文獻指出子宮內膜異位症可能下降卵子的品質；但是根據2014年SART的數據，在353,022週期數的試管療程，子宮內膜異位症為唯一因素時，其取卵數，受精率，著床率，懷孕率及活產率都未受影響，且在進入療程前先使用腦下垂體抑制劑是否會改善取卵數，受精率與胚胎發育目前仍有爭議。
- 在子宮內膜容受性方面，則是顯示子宮內膜異位症的患者有較高的黃體激素抗性，但若以子宮內膜容受性檢測(Endometrial receptivity array)的方式檢測多樣分子與基因表現，疾病嚴重程度和其結果關係性不大。有趣的是在一項納入374位曾進行試管，一次以上著床失敗患者的回溯性研究裡，36位子宮肌腺症患者有47%其著床窗有改變，相對338位控制組只有21%有著床窗的改變。
因此以結論來說，進入試管療程前是否需要先以藥物或手術治療，還是要綜合考慮每個人的情況－包括年紀，疾病嚴重程度，卵子庫存量，是否有其他的影響因素(疼痛，懷疑惡性的可能性，及是否存在其他可能造成不孕的因素)。至於胚胎收集後，植入前是否要使用藥物治療，目前還是有爭議；除了剛剛提到子宮內膜容受性的問題，降低骨盆腔慢性發炎或許也是醫師考量的因素之一。
(註一)指引的結論是根據一篇2006年的考科藍文獻回顧，但該文獻回顧認為引用的文獻因實驗方法不佳可能有偏差的存在，所以認為其回顧的結果需要更多證據．2019年考科藍文獻回顧已推翻2006年的結論，認為人工生殖前使用藥物治療並沒有明顯的效益，但與2006年的回顧有同樣的問題－文獻品質不佳。
